機能に違いはないと思います。LINEアカウントと未連携のビジネスアカウントの場合は一部表示されない機能があるようですが、そこまで困らないと思います。(https://developers.line.biz/ja/docs/line-developers-console/managing-roles/#how-to-test-login-channel )
開発について考えると、ビジネスアカウントを使わない場合は、個人的なアカウントを使用している人が退職した後でも操作ができたり(つまり、悪さができてしまいます)してしまう問題があると思います。
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