- おっしゃるとおり、グループIDやトークルームIDの一覧を取得するためには、https://developers.line.biz/ja/reference/messaging-api/#join-event の情報を保存する他ありません。
- 過去のメッセージを後から取得する手段はありません。1. と同じくWebhookの情報を保存する他ありません。
開発ガイドライン(https://developers.line.biz/ja/docs/messaging-api/development-guidelines/#save-logs )に書いてある通り、Webhookをログやデータベースに保存しておけば、どちらの問題も解決できるかと思います。特に、「追加でログに保存しておくと有用な情報」の部分を参考にされるとよいと思います!
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