同様の挙動を検証しましたが、メッセージは表示されなかったので仕様ではなさそうです。 実アドレスでも表示されるとのことで、Webアプリの実装によるメッセージではないでしょうか。
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liffから外部サイトへの遷移後、liffに帰還する時に出る”アプリケーションが切り替わりました”というメッセージが仕様かどうか知りたい
liffにて外部サイトへ遷移後、サクセスページに戻る際、アプリケーションが切り替わりましたというメッセージが出る
外部からのリンクで、liffアドレス(liff.line.me/{liffId})と実アドレス{https://www.example.com/liff/} のどちらを指定しても同じ結果になります。