参考にされてQAの回答をしたものです。 この質問の回答としては参考元QAで紹介した以下の方法を使えばuserIDを取得することができるので、そのuserIDとMessaging APIのuserIDと共通しているので、それをDBに保存するのがベストプラクティスになります。 ただし分かっているとは思いますが、Messaging APIのチャネルとLIFFのチャネル(LINEログイン)を同じプロバイダーで作成しないと同じuserIDでユーザー情報を扱うことができないので注意が必要です。
https://developers.line.biz/ja/docs/liff/using-user-profile/
ちなみにIDトークンは有効期限があるため、それをDBに保存するのはバットノウハウです。