Messaging APIを削除
これはつまり、Messaging APIのチャネルを公式アカウントに適用させないようにするということでしょうか? だとすれば、LINE公式アカウントマネジャーのbotとチャットを切り替える設定があるので、そこでチャットモードにすればMessagingAPIの設定は無効になります。
LINE公式アカウントで、Messaging APIを利用した複数のサービス登録はできないのでしょうか
どのような目的でやりたいのかわかりませんが、基本的には一つの公式アカウントにつき一つのMessaging APIのチャネルという形態なので、おそらく難しいかと… 認識違いがありましたら、もう少し説明が欲しいです。