LIFF v1のサーバーAPIを利用することでLIFFアプリの設定がAPI経由で可能です。 https://developers.line.biz/ja/reference/liff-v1/#server-api
cliから操作可能なツールもあります。 https://www.npmjs.com/package/liff
「提供を継続」にはなっていますがLIFF v1のクライアントAPIは既に廃止されているため サーバーAPIも廃止の可能性があることはご留意ください。
https://developers.line.biz/ja/news/2020/02/07/liff-server-api-update/