後者は timeline 投稿に関する記載です。メッセージングAPIに関する記載ではありません。
https://developers.line.biz/ja/reference/messaging-api/#video-message では、動画ファイルはMP4とされていますが、
https://www.linebiz.com/jp/manual/OfficialAccountManager/timeline/formats/ では他のフォーマットも記載されています。
これは記載漏れでしょうか? それとも、APIを利用する場合はMP4のみのサポートとなるということでしょうか?